|
|
Vyšetření gonozomálních mozaiek metodou FISH
ŠUTKOVÁ, Jana
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala vyšetřením gonozomálních mozaiek. Mozaicismus můžeme popsat jako stav, při kterém se v jednom organismu nachází dvě a více odlišných buněčných linií pocházející z jedné zygoty. U žen se nejčastěji vyskytuje mozaiková forma zvaná Turnerův syndrom a Syndrom XXX neboli superžena. V mužské populaci je nejčastěji detekován Klineferterův sydnrom a syndrom XYY (supermuž). Mozaicismus lze vyšetřit fluorescenční in situ hybridizací. V teoretické části své bakalářské práce jsem se zaměřila na vrozený chromozomální mozaicismus, zejména na jeho varianty jako je Klineferterů syndrom, Turnerův syndrom, Sydrom XXX a Syndrom XYY. Dále jsem se v této části zabývala fluorescenční in situ hybridizací. Popsala jsem fluorescenci jako takovou a následně její aplikaci v klinické praxi, kde je využíváno několik typů fluorescenšní in situ hybridizace. V praktické části jsem se věnovala vyšetření počtu gonozomálních chromozomů metodou fluorescenční in situ hybridizace. Tuto část jsem vypracovala v laboratoři Zdravotně sociální fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Vyšetřovala jsem 40 zanonymizovaných vzorků od 20 probandů. U každého proběhl odběr kapilární krve a bukálního stěru. Po hybridizaci vzorků s centromerickou sondou pro chromozomy X a Y byla provedena mikroskopie. V poslední části této bakalářské práce jsem se věnovala zpracování výsledků získaných fluorescenčním mikroskopováním. U žen tedy bylo detekováno celkem 6 případů mozaicismu (procento mozaických buněk bylo nad přípustnou hranici). U mužů byly celkem 2 případy zvýšeného počtu mozaických buněk.
|
|
|
Role sekvenace nové generace v diagnostice a prognóze X-vázaných lysosomálních střádavých onemocnění
Řeboun, Martin ; Dvořáková, Lenka (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent) ; Krejčí, Jan (oponent)
Charakterizace molekulárně genetické podstaty monogenních onemocnění spočívá nejen v identifikaci patogenní varianty, ale i v popisu jejího vlivu na strukturu a stabilitu vznikající RNA. Kromě toho u X-vázaných onemocnění vstupuje u heterozygotních pacientek do hry X- inaktivace. V předkládané disertační práci jsme využili metody sekvenování nové generace ke studiu tří X-vázaných lysosomálních onemocnění (mukopolysacharidóza typ II, MPS II; Danonova choroba, DD; Fabryho choroba, FD). Využili jsme dva metodické postupy: 1) panelové sekvenování s použitím hybridizačních prób pro identifikaci malých a strukturních variant (rozsáhlé delece a duplikace) 2) amplikonové sekvenování pro vyšetření somatického mozaicismu a alelově specifické exprese. Panelové sekvenování umožnilo na molekulárně genetické úrovni potvrzení Danonovy choroby u dvou pacientů, u kterých byla identifikována duplikace dvou exonů a delece pěti exonů v genu LAMP2. Amplikonovým sekvenováním jsme analyzovali somatický mozaicismus v rodinách pacientů s Danonovou chorobou a mukopolysacharidózou typu II a identifikovali první případ somatického mozaicismu u pacienta s Danonovou chorobou. Metoda alelově specifické exprese rozšířila paletu metod používaných při vyšetření X- inaktivace a její přínos se projevil zejména při minimalizaci chybné...
|
|
| |
|
|
Molekulárně cytogenetická diagnostika marker chromozomů
Tesner, Pavel ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Nadpočetné marker chromozomy (sSMC) jsou relativně vzácným cytogenetickým fenoménem. Jejich laboratorní analýza není jednoduchá, a ještě náročnější je klinická interpretace výsledků. Hlavním důvodem je především to, že většina nosičů sSMC nemá žádné klinické projevy. Svoji roli hraje chromozomový původ a přesný rozsah aberace, ale také to, že se sSMC velmi často nacházejí v mozaice, která může ovlivňovat fenotyp i interpretaci výsledků. Prenatální nález sSMC představuje jednu z nejnáročnějších situací v klinické, ale i laboratorní genetice. Práce se zabývá vyšetřovacím procesem při nálezu sSMC s použitím molekulárně cytogenetických technik, zejména fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Prospektivně i retrospektivně bylo vyšetřeno celkem 67 rodin a bylo nalezeno 70 jedinečných sSMC u celkem 74 osob. Šest případů bylo familiárních a ve třech případech byly nalezeny dva sSMC u jednoho jedince. Podle vstupního nálezu v karyotypu byly případy rozděleny do dvou skupin, na sSMC nadpočetné k normálnímu karyotypu (skupina A) a sSMCT nadpočetné k turnerovskému karyotypu (skupina B). Chromozomový původ byl úspěšně stanoven u 88,6 % sSMC. Ve skupině A byly nejčastějším nálezem sSMC pocházející z chromozomu 15, na druhém místě pak sSMC pocházející z ostatních akrocentrů. Klinické hodnocení vlivu sSMC na...
|
|
|
Analysis of mosaic chromosomal aberrations using various methods
Oroszová, Karin ; Drábová, Jana (vedoucí práce) ; Šolc, Roman (oponent)
Mozaika představuje dvě nebo více chromozómově odlišné buněčné linie u jedince. Mozaiky jsou nejčastěji způsobeny selháním chromozomů během mitózy, což vede k získání nebo ke ztrátě chromozómů, známé pod názvem aneuploidie, avšak strukturální aberace se také mohou vyskytovat v mozaice. Práce byla provedena na srovnání účinnosti metod FISH, array CGH a klasických cytogenetických technik pro detekci mozaiky. Praktická část se zaměřuje na srovnávání výsledků u 45 pacientů, u nichž byly identifikovány mozaiky aneuploidie gonozomů (26 pacientů) a mozaiky aneuploidie autozomů (19 pacientů). Získané údaje ukazují, že se liší vyšetření karyotypu a FISH z periferní krve u 20 z 36 (55 %) pacientů. Objevil se případ, kde karyotyp nezachtytil mozaiku a metoda FISH odhalila mozaiku s abnormálními buněčnými liniemi s procentuálním zastoupením menším než 5 %. Metoda array CGH potvrdila podobné výsledky u 10 z 12 (83 %) pacientů s metodou FISH v rámci vyšetření z periferní krve. Práce se zabýva i výsledky vyšetření arteficiálně vyrobených suspenzí se známým stupněm mozaicizmu. Z výsledků vyplývá, že metoda FISH má přesnější procentuální záchyt mozaiky ve srovnání s karyotypem. Ukázalo se, že použití všech tří technik paralelně umožňuje v klinické praxi dosáhnout vysoké citlivosti a specificity na správné...
|
|
|
Polyspermie u jeseterů dává vzniknout životaschopným mozaikám
IEGOROVA, Viktoriia Barativna
Kapitola 1 (Obecný úvod), Kapitola 2 (Polyspermie u jeseterů dává vzniknout životaschopným haploidním/diploidním mozaikám), Kapitola 3 (První důkaz vzniku životaschopného potomstva od tří mezidruhových rodičů u jesetera), Kapitola 4 (diskuse, shrnutí v angličtině, shrnutí v češtině, poděkování, seznam publikací, plán školení a supervize během studia, životopis). Práce je psána v angličtině, obsahuje 71 stran. Výsledky byly publikovány ve dvou vědeckých časopisech. Aktuálnost tématu práce: Většina jeseterů je kriticky ohrožena. Zároveň se jedná o producenty nejdražšího potravinářského produktu - černého kaviáru. V současné době je obnova a uchování jeseterů závislá na umělé reprodukci v líhních. Ovšem způsob oplození není zcela jasný: monospermie, fyziologická nebo patologická polyspermie? Kromě toho se v posledních desetiletích věřilo, že díky umělému oplodnění se mohou objevit atypicky se dělící embrya (3, nebo 6 buněk), které uhynou před fází vykulení nebo se někdy vyvíjejí s různými malformacemi a hynou v prvních dnech života. Atypicky se dělící embrya, jejich původ a vzhled nebyly zatím dobře studovány. Výzkum aspektů oplození u ekonomicky významných a ohrožených ryb je velice důležité. Studium hybridizačních schopností u jeseterů vyžaduje pozornost, protože hybridizace hraje důležitou roli při vývoji jeseterů. Účelem studie bylo nalézt způsob oplození u jeseterů (monospermie/polyspermie); porozumět důvody vzniku atypického dělení buněk vznikajícího během umělé reprodukce; prozkoumat, zda se atypicky dělící embrya mohou vyvíjet do fáze příjmu potravy, analyzovat jejich ploidní úroveň; klasifikovat typy atypického dělení a jejich četnost; prozkoumat plasticitu hybridizace u jeseterů, vytvoření prvního mezidruhového hybrida vzniklého ze tří rodičů. Novost a vědecká originalita: V tomto výzkumu byly nalezeny dva způsoby oplození u jeseterů: fyziologická polyspermie (oplození typické pro ocasaté obojživelníky) a karyogamie s dodatečnou plasmogamií (produkuje životaschopné mozaiky s atypickým dělením ve stádiu 2-4 buněk a různými ploidními úrovněmi). Prováděný výzkum je důležitý pro vyvarování se negativnímu vlivu při chovu areitrodukčních programech jeseterů v důsledku nekontrolovaného oplození a vytvoření polyspermních mozaik vypouštěných do volné přírody, což může způsobit objevování jeseterů s nepravidelnou ploidií a vyvolat škodlivé genetické účinky na populace jeseterů. Nicméně polyspermní mozaiky, které byly objeveny v této studii a jejich snadný způsob produkce, mohou být použity jako přínosný nástroj pro rychlé vytváření klonálních linií u jeseterů. V této studii bylo prokázáno, že aplikace pouze jedné části těla (krev, ocas apod.) pro určení ploidní úrovně neposkytuje úplný pohled na skutečnou ploidii studovaného jedince. Byla popsána velká schopnost hybridizace a plasticita u jeseterů. Bylo možné vytvořit první životaschopné mezidruhové hybridy od tří rodičů.
|
|
|
Molekulárně cytogenetická diagnostika marker chromozomů
Tesner, Pavel ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Nadpočetné marker chromozomy (sSMC) jsou relativně vzácným cytogenetickým fenoménem. Jejich laboratorní analýza není jednoduchá, a ještě náročnější je klinická interpretace výsledků. Hlavním důvodem je především to, že většina nosičů sSMC nemá žádné klinické projevy. Svoji roli hraje chromozomový původ a přesný rozsah aberace, ale také to, že se sSMC velmi často nacházejí v mozaice, která může ovlivňovat fenotyp i interpretaci výsledků. Prenatální nález sSMC představuje jednu z nejnáročnějších situací v klinické, ale i laboratorní genetice. Práce se zabývá vyšetřovacím procesem při nálezu sSMC s použitím molekulárně cytogenetických technik, zejména fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Prospektivně i retrospektivně bylo vyšetřeno celkem 67 rodin a bylo nalezeno 70 jedinečných sSMC u celkem 74 osob. Šest případů bylo familiárních a ve třech případech byly nalezeny dva sSMC u jednoho jedince. Podle vstupního nálezu v karyotypu byly případy rozděleny do dvou skupin, na sSMC nadpočetné k normálnímu karyotypu (skupina A) a sSMCT nadpočetné k turnerovskému karyotypu (skupina B). Chromozomový původ byl úspěšně stanoven u 88,6 % sSMC. Ve skupině A byly nejčastějším nálezem sSMC pocházející z chromozomu 15, na druhém místě pak sSMC pocházející z ostatních akrocentrů. Klinické hodnocení vlivu sSMC na...
|
|
|
Molekulárně cytogenetické vyšetření chromozomových aberací v mozaice
Cinkajzlová, Anna ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Diplomová práce se soustředí na numerické a strukturní aberace v mozaice. V teoretické části práce je probírána obecná problematika mozaicismu, jeho dopadu na fenotyp, mechanismy vzniku, související epigenetické modifikace a diagnostické možnosti. Praktická část se soustředí především na metodu fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a její aplikace při diagnostice mozaicismu. Touto metodou bylo provedeno vyšetření 29 pacientů s numerickými nebo strukturními abnormalitami autozomů i gonozomů v suspektní či prokázané mozaice. Na základě analýz byly stanoveny možné příčiny chyb stanovení a získána data pro statistické hodnocení. U tří pacientů bylo provedeno také vyšetření alternativou komparativní genomové hybridizace - technikou array CGH. Metoda FISH, i přestože stojí na náhodném výběru a na lidské zkušenosti, prokázala dostatečnou senzitivitu a specificitu rovněž v oblasti diagnostiky nízkofrekvenčního mozaicismu. Hlavní kritické faktory zodpovědné za možnou desinterpretaci dat vyvstávaly z vlastností biologického materiálu, nevhodného zacílení analýzy, nestability sond, jevu bleed through a absence mitóz při diagnostice strukturních aberací.
|
|
|
Možnosti hodnocení a relevance výsledků analýzy FISH u chromozomových aberací v mozaikách
Neužilová, Linda ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou mozaicismu a jeho stanovením. Mozaicismus je definován jako přítomnost dvou nebo více buněčných linií s odlišným karyotypem v těle pacienta. Pro výsledný fenotyp je důležitý především celkový poměr, v jakém jsou jednotlivé buněčné linie zastoupeny. Často ho nacházíme u Turnerova a Klinefelterova syndromu. Turnerův syndrom je způsoben ztrátou části nebo celého chromozomu X u žen a patří mezi nejčastější chromozomální konstituce nalézané u spontánních potratů. Odhaduje se, že ale asi jen polovina žen s Turnerovým syndromem má karyotyp 45,X, ostatní jsou mozaiky či mají jiné abnormality chromozomu X. Hlavním cílem praktické části této bakalářské práce bylo vyhodnotit možnosti stanovení mozaicismu pomocí metody fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a posoudit možné faktory ovlivňující správnost vyšetření. Posuzovali jsme individuální variabilitu mezi jednotlivými hodnotiteli a také rozdíly při použití dvou různě značných sond. Práce tak potvrdila, že metoda FISH zpřesňuje výsledky klasického cytogenetického vyšetření a je vzhledem k možnosti analýzy vysokého počtu buněk vhodná k analýze mozaicismu.
|
|
| |
host ::
RSS.